Amber
O cluster tem o pacote AMBER em sua versão 14. O cluster está equipado com 6 GPUS, sendo 3 nós com GTX780 Ti (8-10) e 3 nós (12-14) com placas GTX980. O sistema de filas automaticamente assinala a simulação para um destes nós, desde que a opção “-l g780=1” ou “-l g980=1” esteja presente no arquivo de submissão. Um exemplo de arquivo de submissão está mostrado abaixo:
#! /bin/bash # Amber simulation on GPU using SGE. #$ -S /bin/bash #$ -N AmberMD #$ -l g980=1 #$ -cwd #$ -o Amber.out #$ -j y #$ -M myself@e-mail.com #$ -m ae #$ -V ulimit export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/share/apps/cuda-7.5/lib:/share/apps/cuda-7.5/lib64 mol="4UNIb"; /share/apps/amber14/bin/pmemd.cuda -O -i prod.in -o prod.out -p mol.prmtop -c equil.rst -r prod.rst -x prod.nc
LiBELa
O programa LiBELa pode ser executado em paralelo no cluster. Um exemplo de arquivo de submissão está dado abaixo.
#! /bin/bash #$ -S /bin/bash #$ -N Libela #$ -pe mpi 24 #$ -cwd #$ -o libela.out #$ -j y #$ -V ulimit source /share/apps/iMcLiBELa/trunk/LiBELa.sh export BABEL_DATADIR=/share/apps/iMcLiBELa/trunk/lib/openbabel/share/openbabel/2.3.2 time /share/apps/iMcLiBELa/McGrid iMcLiBELa.inp time /opt/mpich2/gnu/bin/mpiexec -f $TMPDIR/machines -n $NSLOTS /share/apps/iMcLiBELa/iMcLiBELa.mpi iMcLiBELa.inp