Amber

O cluster tem o pacote AMBER em sua versão 14. O cluster está equipado com 6 GPUS, sendo 3 nós com GTX780 Ti (8-10) e 3 nós (12-14) com placas GTX980. O sistema de filas automaticamente assinala a simulação para um destes nós, desde que a opção “-l g780=1” ou “-l g980=1” esteja presente no arquivo de submissão. Um exemplo de arquivo de submissão está mostrado abaixo:

 

#! /bin/bash
# Amber simulation on GPU using SGE.
#$ -S /bin/bash
#$ -N AmberMD
#$ -l g980=1
#$ -cwd
#$ -o Amber.out
#$ -j y
#$ -M myself@e-mail.com
#$ -m ae
#$ -V
ulimit
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/share/apps/cuda-7.5/lib:/share/apps/cuda-7.5/lib64
mol="4UNIb";
/share/apps/amber14/bin/pmemd.cuda -O -i prod.in -o prod.out -p mol.prmtop -c equil.rst -r prod.rst -x prod.nc

 

 

LiBELa

O programa LiBELa pode ser executado em paralelo no cluster. Um exemplo de arquivo de submissão está dado abaixo.

 

#! /bin/bash
#$ -S /bin/bash
#$ -N Libela
#$ -pe mpi 24
#$ -cwd
#$ -o libela.out
#$ -j y
#$ -V
ulimit
source /share/apps/iMcLiBELa/trunk/LiBELa.sh
export BABEL_DATADIR=/share/apps/iMcLiBELa/trunk/lib/openbabel/share/openbabel/2.3.2
time /share/apps/iMcLiBELa/McGrid iMcLiBELa.inp
time /opt/mpich2/gnu/bin/mpiexec -f $TMPDIR/machines -n $NSLOTS /share/apps/iMcLiBELa/iMcLiBELa.mpi iMcLiBELa.inp