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Café com Física |
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06 de novembro de 2013
16h30 Sala F-210 Antônio Caliri Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto - USP Efeito das flutuações térmicas locais na cinética do processo de folding de proteínas (.pdf) O primeiro estágio do processo de folding de proteínas corresponde a uma varredura do espaço de configurações da cadeia protéica, etapa esta governada principalmente pelo efeito hidrofóbico. Devido ao tamanho típico das proteínas globulares (10-9 - 10-8 m), cadeias protéicas sofrem resaltos sistemáticos devido às flutuações térmicas locais, influenciando o processo de busca pela conformação nativa. Curiosamente, o fator de Tsallis pode ser obtido por meio de uma média do fator de Boltzmann (em relação a uma suposta distribuição qui-quadrado do inverso da temperatura 1/T) e assim, na simulação da evolução configuracional o peso de Boltzmann tradicionalmente utilizado no algoritmo de Metropolis é substituido pelo peso de Tsallis, o que introduz um novo parâmetro q no sistema. Contudo, no presente problema especificamente, o parâmetro não-extensivo q varia ao longo da simulação, dependendo da estado conformacional da cadeia. A eficiência na busca pela estrutura nativa é verificado ser surpreendentemente eficaz, através de um modelo em rede cúbica. O valor médio <q> obtido ao longo da simulação reflete a complexidade da estrutura nativa.
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