O laboratório possui um microscópio confocal de fluorescência Zeiss (modelo LSM 780 invertido) com excitação por um fotón (LASER Diodo 405 nm; LASER Argônio: 458/488/514 nm; LASER HeNe: 543/594/633 nm) ou dois fótons (LASER Ti:Safira (emissão: 690-1050 nm)). As lentes objetivas disponiveis são: 10x; 0,3NA; wd = 5,2mm (ar) - 20x; 0,8NA; wd = 0,5mm (ar) - 40x; 1,2NA; wd = 0,28mm (água) - 40x; 0,3NA; wd = 0,21mm (óleo) - 63x; 1,4NA; wd = 0,2mm (água) - 63x; 1,2NA; wd = 0,2mm (óleo). O microscópio é equipado com detectores GaAsP de alta sensibilidade para imagem espectral (400-700 nm), detectores NDD - Non-Descanned Detector operando nos modos de reflexão e transmissão apropriados para imagens por excitação de dois fótons e de emissão de segundo e terceiro harmônicos e dois detectores de avalanche para espectroscopia e imagem de tempo de vida da fluorescência (Fluorescence-lifetime imaging microscopy - FLIM) com resolução temporal de 75 ps. Com esse equipamento, é possível medir emissão e propriedades de molécula isolada através da técnica de espectroscopia de correlação de fótons (Fluorescence correlation spectroscopy - FCS). O microscópio é também equipado com câmera de CO2 climatizada para estudo de cultura de células em tempo real.
Também conta com um Microscópio Óptico Confocal de Varredura a Laser para aquisição de espectros e imagens RAMAN/AFM/SNOM - Marca: WITec (atualmente Oxford Instruments) - Modelo: WiTEC alpha300 RAS (Raman, AFM, SNOM) - Origem: Alemanha / Processo FAPESP PO 3-1604255/IFSC - Ano de Aquisição: 2016 - No. Patrimônio: 076.024970 - O Microscópio Confocal Raman contendo dois diferentes lasers para excitação (verde @532 nm e infravermelho próximo @785 nm) para caracterização estrutural de materiais orgânicos e inorgânicos, e lentes Zeiss de 20x, 50x e 100x de aumento, além de uma lente de imersão de 63x. Resolução ~500 nm.
O equipamento conta também com módulos para realização de microscopia de força atômica (AFM) de contato ("Contact mode AFM") e modulação de frequência de corrente alternada ("FM modde AFM"), e para realização de microscopia óptica de varredura de campo próximo (Scanning Near-field Optical Microscopy - SNOM).
