A Comissão de Pesquisa e Inovação (CPqI) do IFSC tem como competência institucional:
(i) Propor à Congregação ações específicas que fomentem o desenvolvimento e aprimoramento científico institucional;
(ii) Contribuir com discussões para definir novas direções em pesquisa de interesse da comunidade nacional e internacional e, quando pertinente, encorajar docentes a redirecionar suas atividades de pesquisa a fim de torná-las mais visíveis internacionalmente;
(iii) Estabelecer critérios e coordenar a elaboração de projetos de pesquisa institucionais incentivando a cooperação entre pesquisadores;
(iv) Divulgar programas e ações da Pró-reitoria de pesquisa da USP;
(v) Promover maior visibilidade da produção científica atualizada do IFSC divulgando os temas, linhas de pesquisa e os pesquisadores, a fim de tornar a instituição mais atraente em nível nacional e internacional;
(vi) Emitir pareceres sobre convênios e projetos de pesquisa quando solicitado pela Diretoria do IFSC;
(vii) Informar a Pró-Reitoria de Pesquisa sobre programas de Pós-Doutoramento após aprovação pelo respectivo Conselho Departamental;
(viii) Receber, analisar e priorizar, de acordo com critérios previamente estabelecidos, propostas para implementação de bolsas institucionais provenientes de órgãos públicos ou privados e que não estejam ligadas à Comissão de Graduação ou à Comissão de Pós-Graduação.